La causa del fallecimiento de Morales fue Covid-19, según el informe de autopsia. En una entrevista con su madre Alicia Benítez Murillo y sus hijos Luis Gabriel y María Alejandra Morales Montenegro; pero la salud del ex-prefecto se había deteriorado desde diciembre de 2019

La causa de la muerte de Carlos Luis Morales Benítez ha sido un misterio desde aquel 22 de junio de 2020, cuando en medio de un escándalo judicial por supuesto tráfico de influencias, el ex-arquero de Barcelona y entonces prefecto del Guayas llegaba inconsciente a la clínica Kennedy de Samborondón. Eran las 07:30 de ese lunes. Morales ingresaba a emergencias junto a un guardaespaldas, el chofer y su hija María Alejandra Morales Montenegro. Dos horas después, los médicos confirmaban su deceso por un infarto fulminante. (Información completa en primicias.ec)